Importanti reperti riconducono alla presenza di insediamenti romani, testimoniati anche dal gonfalone, conferito al paese nel 1953, nel quale è rappresentato l'ossuario di Quinto Bebio Cardilliaco marito di Maria Terza, figlia di Caio. La tradizione vuole che l'antico castello dei Morosini sorgesse sui resti di un edificio romano, forse proprio la villa di Maria Terza.
Dopo la caduta dell'Impero Romano il territorio subì nel corso dei secoli le tristi invasioni barbariche con la dominazione dei Longobardi.
Verso il 1100 anche Lusia ebbe il suo castello probabilmente ad opera degli Estensi.

Nel 1305 Lusia fu riconquistata da Francesco D'Este ritornando, verso il 1354, agli Estensi di Ferrara che la tennero fino al 1395. Successivamente a seguito di un prestito quinquennale, Lusia, con la contea di Rovigo, fu ceduta alla Repubblica di Venezia. Alla scadenza del quinquennio per mancato rimborso del prestito Venezia si instaura in questa regione che dominando gli sbocchi fluviali dell'Adige e del Po, comandava direttamente tutto il commercio fluviale del Veneto. Verso il 1400 giunge a Lusia da Costantinopoli, una colonna annodata a quattro fusti, con capitelli figurati, che ancora oggi si può ammirare sulla piazza antistante la nuova Chiesa Parrocchiale. I Veneziani l'avevano riportata da un viaggio assieme ad un'altra colonna. Ma la barca che le trasportava si era arenata alle foci dell'Adige facendo sprofondare una delle due colonne. Giunta a Lusia, la colonna che si era salvata, era stata sormontata da una statuetta che la tradizione popolare identifica con San Vito e posta davanti al castello.

La colonna che è alta circa 3,50 metri, in origine era sormontata da due leoncini in granito, accosciati, che nel 1882 furono asportati dagli eredi della contessa E. Morosini Gattembur. Durante il periodo della Repubblica di Venezia nel Polesine sorsero numerosi castelli e molti paesi assunsero il nome dei nobiluomini veneti che vi si insediarono come Boara Pisani, Pettorazza Grimani, Cà Morosini ecc. Lusia, a testimonianza dell'antichità del suo nome, mantenne la sua originaria denominazione romana.
A Lusia, nei primi anni del 1600, si instaurarono i Morosini che trasformarono il castello in una lussuosa villa protetta da solide mura lungo le quali si ergevano i colombai uno dei quali, restaurato ed adibito ad abitazione privata , si può ammirare ancora oggi. I Morosini, patrizi veneti, appartenevano al gruppo delle sedici famiglie Tribunizie e diedero alla Repubblica di Venezia ben quattro dogi.
I nobili Zeno, illustre famiglia veneziana, invece si stabilirono nell'odierna frazione di Cà Zen. In concomitanza alla ristrutturazione del Castello Morosini iniziava la costruzione, lungo l'argine, della chiesa arcipretale di Lusia legata alla venerazione dei Santi Vito e Modesto, vittime della persecuzione che morirono in Lucania. Nel 1663 fu eretto un campanile alto 62 metri. Poco fuori di Lusia e precisamente a Cavazzana sorse o forse fu ripristinato l'oratorio dedicato a Santa Lucia, vicino al quale pare esistesse un convento dei frati cappuccini, che custodisce, ancora oggi, un altare di legno dipinto e dorato e ospita una statua lignea della Santa il tutto databile intorno al 1600. Sorge, inoltre a Cavazzana l'antichissima parrocchiale dedicata a San Lorenzo martire, riedificata nel 1796 e modificata nel 1859, all'interno della quale si trova un coro in noce e un pulpito di legno dipinto con pannelli lignei scolpiti a bassorilievo e rappresentanti episodi delle vita di Gesù. Appariva così Lusia, con il suo piccolo centro urbano a ridosso del fiume Adige, con la sua chiesa arcipretale e la villa Morosini, quando il giorno 20 aprile 1945 alle ore 11, 30 si abbattè sul paese uno dei più terribili bombardamenti d'Italia.

Dove caddero le bombe nulla rimase. Il municipio, gli uffici pubblici, la chiesa arcipretale, la villa Morosini, tutto fu travolto dalle macerie. L'ingente opera di ricostruzione vede risorgere Lusia a circa 300 metri dall'Adige con la sua nuova chiesa inaugurata nel 1958. A testimonianza della tragedia che si è consumata in questo paesino del Polesine rimangono oggi: a - i resti del campanile dell'antica Chiesa dei SS.Vito e Modesto, trasformato in cappella votiva che offre una lapide murata sulla facciata sud a perenne ricordo delle vittime civili del tragico bombardamento. b- una delle antiche torri della villa Morosini , recentemente restaurata dall'Amministrazione Comunale.

Lusia è ora un paese tutto nuovo con strade larghe, un'ampia piazza, nulla di particolare s'intende, ma c'è stato tra queste vie la testimonianza di una volontà di agire, di andare avanti che è stata frutto delle fatiche e delle speranze di tutti i cittadini Lusiani, che si adattarono ad ogni disagio e che lentamente videro sorgere intorno a loro, dalle ceneri della vecchia Lusia una nuova Lusia simboleggiata nelle raffigurazione dell'Araba Fenice attribuita al suo gonfalone.